1．促进企业自主创新的法律体系尚未形成
改革开放以来我国已经逐步制定和实施了若干有关技术创新的法律法规，但还很不完善。首先是缺少一部有关国家创新体系和企业自主创新的基本法，目前的科技进步法已经不能适应国家心慌心体系和自主创新活动对法律的需求；其次是一些相关法律法规没有能够充分体现鼓励技术创新的原则或者不能适应自主创新的需求，例如不同企业使用不同的法律，缺少统一的公司法，再如政府采购法中没有体现政府采购对自主创新的促进作用；第三是在一些重要方面还存在法律确失，例如反垄断法、商业秘密法等没有制定。
2．促进企业自主创新的政策体系很不完善
虽然改革开放以来我国中央政府和地方政府陆续出台了大量的有关技术创新的政策措施（根据不完全统计，仅中央政府出台的与技术创新相关的政策就超过2500项），但这些政策的制定部门不同，制定的时期不同，针对的问题不同，政策问题的演变程度不同，使得国家的促进自主创新的政策有重复，有空白，也有相互矛盾，政策信号不一致，政策设计不科学，号召性的多，可操作性较差，政策成本预算和控制不力，等等，导致我国技术创新的政策性缺乏系统性，尚未形成完整的政策体系。
3．国家科技经费投入结构不合理
90年代以来国家财政科技经费投入总量高速增长，陆续实施了自然科学基金、863计划、重点实验室建设计划、工程中心建设计划、大科学工程建设计划、973计划、211工程、知识创新工程、985工程等重大科技计划与工程，中国科学院和重点高等学校获得的国家科技投资都达到几百亿元，但政府对企业自主创新的经费支持很少，2003年全国20000多家大中型工业企业总共只获得51亿元。来自政府的科技拨款仅占大中型工业企业科技经费的3%，政府科技经费拨款中用于支持企业科技活动的经费仅占7%，而同期美国企业获得的政府科技经费占政府全部科技支出的比重超过20%。我国企业的经济实力和创新能力总体上无法与美国企业相比，在当前乃至未来的20年内，都特别需要政府的大力支持，WTO规则中规定的政府补贴比重是不超过50%，不管是与WTO规则相比，还是与美国等发达国家相比，我国政府对企业技术创新的支持都应当大幅度增强。
4．政府科技经费的支持重点应当调整
改革开放初期，我国面临的主要问题是科技与经济两张皮，高等学校和政府科研院所的成果不能得到有效应用，一些人似乎认为高等学校和科研院所的保险柜里存放着用不完的成果，当时的主要政策导向是促进科技成果转化、商品化和产业化。这种政策导向并不是不对，而只能是阶段性的，不能作为长期的政策导向。如果这样的政策饿导向长期坚持，就会伤害产生成果的自主创新能力。
在鼓励形成高水平成果的自主创新能力方面，也存在主体问题，我国从计划经济体制下以政府科研院所为主体的国家自主创新体系转向以企业为主体的国家自主创新能力体系阶段，促进企业自主创新能力的提高就成为比获得一些关键技术更重要的战略任务。我国实施的一些涉及产业技术发展的国家计划中，项目实施主体主要还是高等学校和科研院所，企业虽然被鼓励参加，但往往只是陪衬，一些计划项目即使获得了预想的关键技术，但并没有能力使作为创新主体的企业通过国家计划项目的实施获得自主创新能力。
在政府科技投入中，布局在中下游的计划很多，例如科技攻关计划、火炬计划、星火计划、高技术产业化示范项目、国家工程中心、科技转移计划等等，在科技活动高层次上的布局主要是自然科学基金、重点实验室、大科学工程、973计划、985工程、知识创新工程等，但这些计划基本上都是在科学研究，特别是基础研究层次，在产业自主创新层次很少。在政府对企业技术创新的支持中，政策的重点主要还是放在技术创新的中下游，例如对企业新产品开发等，而对产业核心技术的自主创新活动，政府经费投入严重不足，政策工具也比较少。这些政策组合起来形成了鼓励基础研究和鼓励产业化的强大政策导向，却弱化了处于这两者之间的产业自主创新的政策导向。这是当前我国创新政策体系中政策导向中的严重问题。
5．目前的市场环境不利于企业自主创新
目前影响企业自主创新动力的最大问题是缺乏公平的市场竞争环境。改革开放以来，为了促进经济的发展，引进外资，促进民营企业和高技术产业发展等，我国逐步相成了目前的企业法律制度和税收制度。企业所有制的不同、企业所在地理位置的不同而适用不同的法律制度和税收制度，虽然在一定阶段发挥了促进经济的作用，但目前负面作用越来越大。两税合一、增值税转型、税收优惠起点统一、某些行业和技术领域因为存在严重的垄断而导致竞争不足等创新环境问题，已经成为影响了企业自主创新内在动力最大的问题，已经到了必须马上解决的时候了，否则无论政府财政拿出多少钱给企业，也无法真正解决企业自主创新的动力问题。