般来说，人们担心的网上银行安全问题主要是：
1. 银行交易系统被非法入侵。
2. 信息通过网络传输时被窃取或篡改。
3. 交易双方的身份识别；账户被他人盗用。
从银行的角度来看，开展网上银行业务将承担比客户更多的风险。因此，我国已开通“网上银行”业务的招商银行、建设银行、中国银行等，都建立了一套严密的安全体系，包括安全策略、安全管理制度和流程、安全技术措施、业务安全措施、内部安全监控和安全审计等，以保证“网上银行”的安全运行。
银行交易系统的安全性
“网上银行”系统是银行业务服务的延伸，客户可以通过互联网方便地使用商业银行核心业务服务，完成各种非现金交易。但另一方面，互联网是一个开放的网络，银行交易服务器是网上的公开站点，网上银行系统也使银行内部网向互联网敞开了大门。因此，如何保证网上银行交易系统的安全，关系到银行内部整个金融网的安全，这是网上银行建设中最至关重要的问题，也是银行保证客户资金安全的最根本的考虑。
为防止交易服务器受到攻击，银行主要采取以下三方面的技术措施：
1. 设立防火墙，隔离相关网络。
一般采用多重防火墙方案。其作用为：
（1） 分隔互联网与交易服务器，防止互联网用户的非法入侵。
（2） 用于交易服务器与银行内部网的分隔，有效保护银行内部网，同时防止内部网对交易服务器的入侵。
2. 高安全级的Web应用服务器
服务器使用可信的专用操作系统，凭借其独特的体系结构和安全检查，保证只有合法用户的交易请求能通过特定的代理程序送至应用服务器进行后续处理。
3. 24小时实时安全监控
例如采用ISS网络动态监控产品，进行系统漏洞扫描和实时入侵检测。在2000年2月Yahoo等大网站遭到黑客入侵破坏时，使用ISS安全产品的网站均幸免于难。
身份识别和CA认证