PCR中MIX试剂(pcr体系mix的作用)

虚拟屋 2022-12-17 06:44 编辑:admin 142阅读

1. pcr体系mix的作用

qPCR的体系配制其实与常规的PCR体系是类似的,也包含了buffer、dNTP、DNA聚合酶、引物及模板,不同的地方在于qPCR体系还多了荧光标记(如SYBR Green I或probe)。所有的组分都要提供浓度信息,这对重复qPCR实验至关重要。Buffer中除了缓冲成分,最重要的就是Mg2+,是DNA聚合酶活性的必要条件。

DNA聚合酶除了浓度信息之外还要提供使用的聚合酶名称,如常规的Taq酶或者经过基因改造后具有更多其他特性的聚合酶,使用不同的酶做出的实验结果也不尽相同。引物的使用终浓度一般在100-600nM,探针的使用终浓度一般在200-400 nM。浓度太高易出现非特异扩增,太低则导致过低的扩增效率;因此最佳浓度要根据自己的实验来定,推荐前期预实验可以做一下浓度梯度的探索。

目前,大部分的qPCR实验都会选择使用各种kit,一般会提供2 x qPCR mix,里面预混了DNA聚合酶、SYBR Green I(染料法)、buffer、Mg2+和dNTP等,用户只需要加引物和模板即可。Kit说明书中一般不会提供各个组分的浓度信息,这种情况下,要备注kit的名称及生产厂家,同时,如果不是参照说明书中的配制方法,则要对改动的地方加以说明。

qPCR反应体系中有可能会用到各种添加剂,如DMSO、甜菜碱和BSA等,无非是要提高扩增效率或者反应特异性,如果用到添加剂也要备注工作浓度。值得注意的是有些添加剂对聚合酶是有毒性的,要在其正面和负面作用之间取得平衡,浓度梯度实验是有效的方法之一。

qPCR的反应体系一般在20-50 μl,常规采用20μl。尽量不要使用10 μl体系,加样不易控制且容易挥发,造成variation变大。

耗材及仪器

qPCR板材往往是实验者容易忽略的点。当采用96孔板时,要注意qPCR仪器的兼容类型:全裙边、半裙边及无裙边等。更推荐使用白色管而非透明管,这是因为白色对荧光的反射更彻底,反映在结果上是Cq值更小,从而一定程度上提高了检测的灵敏度,但要注意这对扩增效率是没有影响的[1]。唯一的弊端就是,看不到加样位置,也无法辨别是否有气泡,所以使用白色管时检测前要高速离心。

封膜也是要注意的细节,尽量采用热封,而不要使用粘性膜。手工封膜有可能密封不严,导致技术学重复之间的variation比较大。

qPCR仪器种类繁多,国产的,进口的,深孔的,常规的,等等。要备注使用的仪器型号及生产厂家,这是因为不同的设备做出来的结果很有可能是不同的。特别要注意的是,不同设备做出来的Cq值是没有可比性的,不能通过单纯比较Cq的大小来评判设备的灵敏度等性能指标,而要综合标准曲线等其他因素来衡量。

2. pcr中mix作用

PCR又称聚合酶链式反应,PCR的过程可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。

PCR的三个步骤分别是1.高温变性:利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链,;2.低温退火:低温(经常是60°C左右)时引物与单链按碱基互补配对的原则结合;3.中温延伸:当调温度至DNA聚合酶最适反应温度(72°C左右),DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。

基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备,能在变性温度,复性温度,延伸温度之间很好地进行控制。它需要DNA模板,上下游引物,taqDNA聚合酶,dNTP以及缓冲液(镁离子很重要),当然还有超纯水。

当然现在实验室做PCR,买的缓冲液里面是直接加好聚合酶和dNTP的,可以直接用。

一般的25微升体系里DNA模板和上下游引物各1微升,PCR MIX12.5微升,ddH2O9.5微升。

3. pcr反应中mix里面有什么

做PCR时Master Mix是指反应混合物,即PCR试验时使用的预混物。

Master Mix 的配制:一般PCR 的 MasterMix 都是两倍的浓缩液,只需要加入模板和引物就可以。

MasterMix 的配置过程中,需要注意:

1、MasterMix 不要反复冻融,如果经常使用,最好溶解后放在 4 度。

2、更多的配制 MasterMix 进行,减少加样误差。最好能在冰上操作。

4. pcr扩增中mix里有哪些成分

1. 试剂准备阶段

试剂准备是 PCR 操作的第一个流程,需要在试剂贮存和准备区的超净工作台或生物安全柜进行,用确保无污染的移液器、枪头及容器等进行分装。所有的 PCR 体系都应该在 - 20℃ 保存,除了 ddH 2 O 之外,其余的试剂组份需完全融化之后再加入,以免影响浓度。配制反应体系应在快速进行,以减少非特异性扩增。体系配制完成之后应马上进行 PCR 反应。

2. 样本制备阶段

样本制备是整个 PCR 反应中最为关键的环节,在接收样本时一定要确保样本的密封性以及样本编号的唯一性。严格遵守操作规程进行加样操作,操作时候尽量少说话或者不说话。

所有操作需要在生物安全柜内进行,操作前后生物安全柜需要进行紫外灯消毒,注意生物安全柜中物品的排放。戴手套并勤于更换,要有「无核酸观念」 。

3. 核酸扩增

在核酸扩增环节需要选择质量好的 Ep 管,装入反应体系的 EP 管上机前混匀、离心,将管壁及管盖上的液体甩至管底部。在样本检测的同时设立对照(阳性对照、阴性对照、阴性模板、试剂对照)。同时严密检测 PCR 扩增仪的各项性能指标,其中对 PCR 扩增仪而言温度控制就意味着质量。

4. 产物分析

常见问题:

1)无 CT 值出现:模板量不足(杂质的引入及反复冻融的情况等)

2)CT 值出现过晚(大于 38):各种反应成分的降解或加样量的不足

3)标准曲线线性相关性不佳:加样误差、标准品出现降解等

4)阴性对照有信号:模板有基因组的污染

5)扩增效率低:反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解、反应抑制

6)扩增曲线的异常:模板的浓度太高或荧光染料的降解

四、实验室操作环境的维护

1) 各工作区要有一定的隔离,进入工作区域应按照单一的方向进行。试剂贮存和准备区 → 标本制备区 → PCR 扩增区 → 产物分析区单一方向进行。

2) 各个区域实验用品专用:各个区域实验设备和物品应有明确的标记,不能混用。

3) 实验场所要保持通风良好,严格监测各个工作区的温湿度。

4)注意实验室污染的预防。

整个 PCR 实验的操作都需要特别注意避免污染,来自样本的、试剂的以及实验室各种气溶胶,要始终保持「无核酸观念」。

5. pcr体系的mix是什么

由于进行PCR试验时,往往要向PCR管中加入buffer、dNTP、DNA酶、引物、模板、水等各种PCR反应所需的试剂,而在加入这些试剂时如果操作不规范很容易造成污染,导致PCR结果不准确。

因此,为了简化反复添加各种试剂,便将buffer、dNTP、DNAPolymerase等试剂先混合到一起,即配制成Master Mix然后再使用,即简化了PCR操作步骤,也减少了污染的途经。

6. pcr-mix是啥

20uM引物浓度指得是引物working solution的浓度。

也就是说,当你从装有引物的管内,吸取一定量,加入到PCR master mix配成反应混合液的时候,这个引物管内的浓度是20uM。如果1ul的这个浓度引物加入到50ul反应中,引物终浓度将是0.4uM。实际反应体系中的引物最终浓度最常见是0.5uM,也可在0.1-0.5uM之间选取。20ul体系换算成50ul体系,最简单就是每种要加的试剂或水体积分别乘2.5, 浓度不变即可。

7. mix酶pcr程序

BIOGHC Elitefast SYBR Master Mix包含dNTP Mix、Mg2+、SYBR Green I、BIOG热启动聚合酶,一般来说反应体系中引物终浓度为0.2μM可得到较好的扩增效果,当反应结果不理想时,可以在0.1-1.0μM范围内调整引物浓度。

qPCR反应灵敏性高,模板量的准确性对结果影响很大,建议将模板适度稀释后加入,或用50ul反应体系。

模板体积最好不超过反应体积的10%,操作过程中避免强光照射,扩增产物长度请选择在100bp-500bp范围内,反应条件:95℃加热6-10分钟,以激活热启动DNA聚合酶,然后95℃ 5-15秒,60℃ 30-35秒,进行40个循环。

反应条件可根据目标片段的大小、引物的Tm值等适当调整。

8. pcr扩增mix

PCR检测试剂就是PCR的反应体系,经典PCR以DNA为模板,其体系组成以下几方面:1.原始模板:微生物检验中将待测样本中的细菌或病毒DNA,作为扩增反应的原始模板;

2.引物:两段单链寡核苷酸,其序列与代扩增片段的两端分别相同和互补,作为DNA合成反应的引物;

3.原料:4种脱氧核苷酸三磷酸作为DNA合成的原料;

4.DNA聚合酶:催化DNA合成;

5.合适的盐、缓冲液以及温度循环参数。

9. pcr中的mix成分是什么?作用是什么

1.在冰浴中,按以下次序将各成分加入一无菌0.5ml离心管中。

10×PCR buffer

5 μl dNTP mix (2mM)

4 μl 引物1(10pM)

2 μl 引物2(10pM)

2 μl Taq酶 (2U/μl)

1 μl DNA模板(50ng-1μg/μl)

1 μl 加ddH2O至 50 μl

视PCR仪有无热盖,不加或添加石蜡油。

2.调整好反应程序。将上述混合液稍加离心,立即置PCR仪上,执行扩增。一般:在93℃预变性3-5min,进入循环扩增阶段:93℃ 40s → 58℃ 30s → 72℃ 60s,循环30-35次,最后在72℃ 保温7min。

3.结束反应,PCR产物放置于4℃待电泳检测或-20℃长期保存。

4.PCR的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油,需用100μl氯仿进行抽提反应混合液,以除去石蜡油;否则,直接取5-10μl电泳检测